Sumber daya manusia yang kompeten, baik level manajerial maupun level pelaksana di lapangan merupakan salah satu tantangan dalam upaya integrasi. Beberapa tenaga teknis di lapangan misalnya; Petugas Penjangkau dan Pendamping, Konselor HIV dan AIDS, Manajemen Kasus, dan buddies masih dirasakan kurang baik dalam hal jumlah maupun kapasitas oleh sebagian besar informan dalam penelitian ini. Sedang di level penyedia layanan kesehatan, Kemenkes telah membuat kebijakan tentang Pedoman Pengadaan Tenaga Kesehatan dengan Perjanjian Kerja di Sarana Kesehatan Milik Pemerintah, yakni Permenkes No. 1199/Menkes/PER/X/2004. Regulasi ini masih dirasa kurang memayungi karena kebutuhan sumber daya manusia di program HIV dan AIDS tidak hanya di sarana kesehatan milik pemerintah, tapi di instansi terkait lainnya.
Ketersediaan dan kemerataan tempat layanan kesehatan, seperti Rumah Sakit, Puskesmas dan klinik kesehatan merupakan permasalahan yang masih perlu perhatian terkait upaya integrasi ini. Akses dalam artian jarak, ketersediaan dan kualitas penting bagi ODHA dan populasi kunci mengingat mobilitas kelompok kunci dan ODHA yang sekarang tidak hanya terpusat di kota besar (Ibu Kota Propinsi).
Kesenjangan Pendanaan. Penganggaran dan pendanaan adalah bukti nyata dukungan pemerintah terhadap permasalahan HIV dan AIDS. Data KPAN (2008 dan 2010) menunjukkan semakin meningkatnya proporsi pendanaan domestik, namun sebagian besar masih berasal dari bantuan luar.
Saat ini Undang-Undang BPJS sudah diberlakukan dan mempengaruhi sistem pendanaan dan pelayanan kesehatan di Indonesia termasuk penanggulangan HIV dan AIDS. Kebijakan tentang Pelayanan Kesehatan pada Jaminan kesehatan Nasional sudah dikeluarkan dalam bentuk Permenkes dan Surat Edaran Menteri. Bagaimana ODHA dan populasi kunci mengakses pelayanan kesehatan di era BPJS menjadi tantangan tersendiri dalam sistem jaminan kesehatan yang baru ini.
Stigma dan diskriminasi. Upaya pengurangan stigma dan diskriminasi telah dilakukan mulai dari set-up program sampai pada pengembangan lingkungan mendukung (enabling environment). Namun, sampai saat ini stigma dan diskriminasi masih terjadi baik dari masyarakat umum maupun dari penyedia layanan. Kelompok waria sampai saat ini masih menerima diskriminasi dan stigma yang sangat keras. Perwakos sebagai lembaga yang aktif terlibat dalam program penanggulangan dan pencegahan HIV dan AIDS, sampai saat ini masih sering mendapat stigma dan diskriminasi terutama ODHA waria. Kasus ODHA waria yang meninggal di Surabaya dan dikembalikan ke kampung halaman dan mendapat penolakan dari masyarakat.
Sisi lain, berdasar informasi dari lapangan didapat bahwa sampai saat ini sikap dan perilaku tenaga medis dan para medis terhadap ODHA semakin baik, namun tidak sedikit yang masih mendiskriminasi ODHA (lihat Box). Hal ini mengindikasikan bahwa masih perlunya peningkatan pengetahuan dan peningkatan kapasitas tenaga kerja kesehatan tentang HIV dan AIDS. Kementerian Kesehatan telah merespon kebutuhan ini melalui peluncuran sebuah Pedoman Penghapusan Stigma Diskriminasi bagi Pengelola Program, Petugas Layanan Kesehatan dan Kader tahun 2012.
